"Es siempre frágil la constancia del volver, voz y lágrima"

De regreso en Francia, luego de su gira por Chile, el grupo se replantea su nuevo horizonte musical. Esto, los proyectos personales de cada integrante del grupo y la ausencia de una casa disquera que los edite, debilitan notoriamente la continuidad de la actividad del conjunto.

A principios de 1992, durante una reunión, Ricardo Venegas anuncia que volverá a Chile con su familia donde ha conseguido un empleo y Carlos Quezada manifiesta que deja el grupo pues ha aceptado un puesto en un Centro Cultural de Colombes.

En su reemplazo se integran Daniel Valladares (proveniente del conjunto Ortiga y participante, en 1972 de los talleres del Quila) y Patricio Castillo, quien retorna al conjunto después de 22 años.

Ese mismo año reestrenan en la Unesco de París y en el Gimnasio de Colombes la Sinfonía "Los Tres Tiempos de America" con la participación de la cantante holandesa Winanda Van Vliet.

Durante la primera mitad de la década de los noventa, la actividad del grupo es prácticamente nula. Más allá de las actividades puntuales enumeradas más arriba, la presencia en los escenarios del grupo se vuelve muy esporádica o nula como ocurre entre los años 1995 y 1996. Para sostenerse económicamente los integrantes del conjunto se ven obligados a conseguir empleos fuera del conjunto

Luego de casi 8 años de ausencia, en 1997 el conjunto vuelve a Chile tres veces. En la primera visita realizan presentaciones en Viña del Mar, Valparaíso, el Court Central del Estadio Nacional de Santiago y en el Festival del Huaso de Olmué. Durante la segunda visita, hacen dos shows en Santiago y uno en Iquique, además de participar en un estelar televisivo. En noviembre, presentan el espectáculo "Quilapayún en dos tiempos", compuesto por la Cantata Santa María más 15 canciones esenciales, que es presentado en Santiago (dos días en el Teatro Caupolicán, llamado en esos años “Teatro Monumental”), en la Quinta Vergara y en la salitrera Santa Laura de Iquique ante más de 20 000 personas según la prensa local. Antes de regresar a Francia, actúan en Buenos Aires, donde se presentan en "La Trastienda”.

En 1998, Rodolfo Parada firma contrato con el sello Warner, para la reedición en Chile de gran parte de su catálogo, junto con la edición de nuevas compilaciones y discos de estudio. Entre estos trabajos se encuentra el disco doble "Antología", que resulta un éxito de ventas.

En 1999, retornan a los estudios después de 7 años para sacar el trabajo "Al Horizonte". Con este disco bajo el brazo vuelven a Chile a finales de año para hacer una única presentación en el estadio Víctor Jara (ex estadio Chile) con una escasa concurrencia de público.